Получив от участника СЗПК заявление о переходе в режим налогового мониторинга, ФНС России уведомляет об этом подписавший соглашение орган исполнительной власти. Если компания отказывается от налогового мониторинга, то она в одностороннем внесудебном порядке обязана отказаться и от СЗПК.
При проведении налогового мониторинга ФНС России проверяет правильность исчисления не только налогов и взносов, но и фактических затрат, по которым предполагается предоставить господдержку.
Заключение ФНС России — одно из условий для возмещения участнику СЗПК понесенных затрат. Налоговая служба направляет его в уполномоченный орган исполнительной власти, который подписал СЗПК.
В перспективе это коснётся также и компаний-резидентов особых экономических зон. В Минвостокразвития РФ подготовили поправки в Налоговый кодекс, цель которых — упростить переход на налоговый мониторинг для резидентов территорий с особым экономическим статусом. Речь идёт о резидентах территорий опережающего развития (ТОР), свободного порта Владивосток и Арктической зоны РФ (АЗРФ).
Таким образом, наблюдается тренд на перевод в режим налогового мониторинга компаний, которые получают различные меры государственной поддержки и налоговые льготы.